SP001小光·展开新旅行！ 在小智在合众地区旅行之时，留在双叶镇家中的小光也正在为了大型庆典而进行特训。看到了这一情况的彩子向小光提出了挑战！在与原本是顶级协调家的妈妈对战之后，小光越发坚定了前去丰缘地区旅行的决心。然而，她为该携带哪些伙伴去旅行而犹豫起来，因而前往了山梨博士的研究所，打算找他商量。在研究所中，小光遇到了为选择哪只初始怪兽而烦恼的新人训练家シンコ。在シンコ的面前，波加曼与小火焰猴吵起架来，并冲出了研究所……SP002尼比道馆·史上最大的危机！ 某一天，次郎所掌管的尼比道馆面临了有史以来最大的危机。正在为了神奇宝贝医生学校的入学考试而努力的小刚，能够克服这次的危机吗…！？
