早在南宋乾道七年（公元1171年），时任泉州知州汪大猷就在澎湖派驻舟船水师，警戒台湾、澎湖地区，这是中央政府首次在台、澎驻军元朝建立后，元世祖于至元二十七年（公元1290年）降旨，设澎湖巡检司，隶属福建同安府，台、澎地区至此开始有地方行政机构，行使统治权明朝初年，明太祖朱元璋为防备日本海寇侵袭东南诸省，下令实行海禁，但在军事部署上只防海岸，不守海岛，撤除了设在澎湖的巡检司。由此导致倭寇乘虚而入，以台湾、澎湖为中转站，频频袭扰大明的沿海地区。明万历二十九年（公元1601年）底，大批倭寇在福建海面流动，烧杀抢劫，遭明军水师围歼，漏网的残部逃回台湾。镇守浯屿（今金门）的福建都司沈有容，决计趁此胜势追穷寇，一举将倭寇逐出台湾。遂挑选敢死之士、高大楼船，渡海追击。时恰值西北季风，大军扬帆东海，经澎湖直达台湾西南海岸明万历二十九年（公元1601年）底，大批倭寇在福建海面流动，烧杀抢劫，遭明军水师围歼，漏网的残部逃回台湾。镇守浯屿（今金门）的福建都司沈有容，决计趁此胜势追穷寇，一举将倭寇逐出台湾。遂挑选敢死之士、高大楼船，渡海追击。时恰值西北季风，大军扬帆东海，经澎湖直达台湾西南海岸 清世祖顺治十八年（公元1661年）3月23日，郑成功率大小战船200余艘，军士2万5千人横渡台湾海峡。船队抵达台湾西部海港鹿耳门，适逢涨潮，郑军以迅雷不及掩耳之势登陆，经激烈战斗，占领了海边阵地郑成功嗤之以鼻，回绝道：“惟有还我台湾，可放尔一条生路，不然，大军攻城之日，便是尔等葬身之时。”延至康熙元年（公元l662年）1月，台湾城中粮尽弹绝，红毛军或战死，或饿死、病死，只剩十之二三的兵力。郑成功审时度势，发起总攻。揆一为求活命，扯起白旗投降，并于2月1日在投降书上签字。随后，带领残兵败将狼狈逃离台湾。被荷兰殖民者霸占了38年的台湾，复归中国所有。民族英雄郑成功收复台湾的不朽功绩，永垂青史台湾初归，百废待兴，郑成功昼夜筹谋复兴大计，积劳成疾，于收复台湾的当年病逝。他的儿子郑经继任延平郡王位，继续治理台湾，与大陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝一心想统一台湾，为避免同室操戈，提出条件：只要郑经接受招抚，台湾归属朝廷管辖，可给予相当权位，对所属文武各官，也都量材录用。郑经不允，要求台湾按朝鲜例，作为清朝的属国来朝进贡。这实际上是使台湾独立为国，使中国一分为二，被康熙断然拒绝。谈判破裂，战事重开，双方就这样谈谈打打，一直处于敌对状态康熙二十二年（公元1683年）6月14日，清军跨海东征。经7天激烈战斗，先将澎湖攻克，全歼郑军精锐。澎湖失守，主力丧尽，郑克爽六神无主。最终采纳刘国轩的建议，顺应时势，归顺清廷。于是派人向施琅请降。施琅立即奏请康熙帝定夺。消息传到北京，一些满族大臣主张拒绝郑氏请降，直捣台湾，彻底歼灭之，以报往日之仇。康熙帝不以为然，告诫臣下云：“君子以德报怨，不可耿耿于旧仇。台湾兵民同是炎黄子孙，既愿臣服，何忍再以刀刃相加？”他降旨施琅，接受郑氏请降，又重申了先前的承诺：如能诚心来归，可将前罪尽行赦免，加恩安插，务令所得。8月11日，清军东进至台湾鹿耳门。郑克爽率文武百官，在岸边迎接王师，向施琅缴上印玺、台湾疆域图、土地户籍册。与大陆为敌22年的台湾，终于统一，成为福建省的一个府。光绪十一年（1885年）清政府正式设立台湾省，使台湾成为直属中央政府管辖的最高地方行政区。
