在《金庸群侠传3》中，最厉害的武功按类别划分如下：
1. 指法： 六脉神剑：挑战天龙寺后获得，是全游戏升级最快的招式。
2. 拳法： 降龙十八掌：挑战聚贤庄的乔峰后，去天山获得。
3. 剑法： 辟邪剑法：只有加入华山派才有机会获得。
4. 棍法： 打狗棒法：需要打败乔峰两次，并且有一定的侠义值要求才能获得。
5. 刀法： 胡家刀法：在游戏中被认为是刀法类别中的顶尖武功。
6. 轻功： 华山后山轻功和神行百变：都是游戏中非常出色的轻功武学。
7. 内功： 易筋经：在游戏中被认为是内功类别中最强大的武功。
这些武功在各自的类别中都是顶尖的存在，玩家可以根据自己的喜好和游戏需求来选择学习和修炼。
