《星际争霸Ⅱ：虚空之遗》主要剧情围绕泽拉图的预言展开，核心冲突是星灵对抗堕落萨尔纳加埃蒙的灭世计划。具体剧情可分为以下阶段：
埃蒙作为堕落的萨尔纳加，企图终结宇宙的“无尽轮回”，通过毁灭纯粹肉体（异虫）和纯粹精神（星灵）来创造混合体，实现其统治宇宙的野心。星灵母星艾尔被异虫侵占后，种族分裂为四大派系：
大主教阿塔尼斯肩负复兴种族使命，试图整合各派系力量，重建黄金舰队，为反攻艾尔做准备。
阿塔尼斯集结达拉姆、塔达林及部分黑暗圣堂武士，向艾尔发起总攻。战役初期，星灵势如破竹，甚至夺回象征精神核心的卡拉神殿。然而，黑暗圣堂武士泽拉图突然现身，揭露关键预言：埃蒙已归来，艾尔的异虫仅是诱饵，黄金舰队的进攻实为埃蒙的陷阱。埃蒙的计划是通过卡拉网络控制所有星灵——当星灵战士连接卡拉时，其意识会被埃蒙接管，转化为混合体军团。但阿塔尼斯因同胞被异虫屠杀的仇恨蒙蔽，未能及时撤军，导致黄金舰队被埃蒙操控，星灵战士沦为傀儡。
目睹黄金舰队被腐化后，阿塔尼斯仍试图说服同胞停止战斗，但复仇情绪已不可遏制。关键时刻，泽拉图为拯救被埃蒙控制的阿塔尼斯，与其展开决战。泽拉图切断阿塔尼斯的神经束（连接卡拉的器官），使其脱离埃蒙的精神控制，但自己因伤势过重牺牲。这一举动成为剧情转折点：阿塔尼斯意识到卡拉的隐患，决定带领残余势力切断与卡拉的联系，寻找对抗埃蒙的新方法。
泽拉图的牺牲为星灵争取了宝贵时间。阿塔尼斯联合人类指挥官吉姆·雷诺、刀锋女王凯瑞甘等盟友，最终在虚空中击败埃蒙，终结其灭世计划。星灵种族也因这一事件彻底摆脱卡拉的束缚，走向真正的独立与复兴。
