《司藤》有正片和番外两个官方结局。
正片结局中，司藤与丘山、白英进行了一场决战。在这场激烈的战斗之后，司藤妖力耗尽。秦放为了拯救她，自己陷入了沉睡状态。后来，司藤恢复了记忆，她带着秦放回到山林。最终，两人分别化为擎天树与白藤，以这种最原始的形态相互陪伴、共生相守，此结局充满了宿命的感觉。
番外结局里，司藤分裂出了一个小女孩西竹，这个小女孩承载着司藤对幸福童年的向往，随后西竹由人类家庭抚养长大。而司藤自己则与秦放选择归隐到青城山下，他们像普通凡人一样，过上了安稳平静的生活，补全了充满人间烟火气的圆满结局。两个结局都围绕着司藤与秦放的情感归宿展开，各有其独特的韵味。
