《守护者们》中主要人物的结局如下：
冼碧云：为获取关键情报重返危险前线，在天台被特务包围时，她主动选择与反派罗瀚同归于尽。她拉着罗瀚一起坠楼，用生命换取了顾仰山的继续潜伏，最终牺牲在抗战胜利后的特殊任务中。
顾仰山：在冼碧云牺牲后，他凭借“唯一幸存者”身份重返军统，获得罗瀚留下的真实密码和潜伏名单。飞往台湾执行潜伏任务时，被上级曹元忠看穿身份却未被揭穿。抵达台湾后，他将关键情报传回大陆，协助丁一将潜伏特务一网打尽。然而，他背负秘密至死都未能返乡，最终于1972年在台湾去世。
丁一：独自活到解放后，见证了新中国的到来。他等到了抗战胜利和新中国建立，却始终未能等回昔日的战友和爱人。直到30年保密期结束，他才收到顾仰山从台湾寄来的遗物。剧终时，垂垂老矣的丁一独自前往当年的剧场，追忆那些为国捐躯的故人。
李约瑟：作为密码学天才，他在与顾仰山的密码对决中因公式疏漏被识破。意识到自己的研究可能导致更多同胞牺牲后，他内心深受煎熬，最终选择吞枪自尽，结束了充满矛盾与痛苦的一生。
林乃惠：身为东园寺大公的私生女，她误信佐佐木杀害了父亲的主治医生，导致父亲因来不及救治而死亡。悲愤之下，她率全家族与佐佐木家族展开血拼，最终造成两大家族全员下线，这一极端行为也彻底改变了她的命运轨迹。
