个人所得税扣除额中公务交通费用的处理需分情况讨论，具体规则如下：
1. 符合标准的公务交通补贴个人因公务用车制度改革取得的公务用车补贴收入，在扣除省级地方税务局确定的标准后，不计入应纳税所得额。扣除标准由省级政府批准并报国家税务总局备案，各地差异显著：
2. 超过标准的部分若实际发放的公务交通补贴超过当地扣除标准，超出部分需并入当月工资、薪金所得计征个人所得税。例如，当地标准为每月1000元，实际取得1500元，则超出的500元需与当月工资合并计算税额。申报时，超出部分应填入工资薪金所得栏目，按适用税率缴纳个税。
3. 无规定标准或无公务性质的情况
4. 政策依据与申报要求根据《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号），公务交通补贴扣除标准需按月或分解至所属月份后，与工资薪金合并计税。申报时需严格区分符合标准的扣除部分与应税部分，避免税务风险。
