幻想三国志2中的剧情设定，楚歌与海棠是情侣，韩靖与沈嫣是一对，而瑶甄则对楚歌单恋。游戏中有盗版集成了续缘篇，可以玩出两个标准结局。若玩家完成复杂的支线剧情，还能解锁隐藏结局。第一个标准结局是“情定今生”，楚歌最终与海棠重逢，两人成为神，永恒存在。如果完成了暗行七君墨宝支线，那么在“情定今生”的结局之后，还会有“大团圆”结局，所有主角们团聚一堂，一起享用大餐。在“情定今生”的剧情中，沈嫣在临终前终于醒悟。第二个标准结局是“来世无尽”，楚歌未能等到海棠，最终在黄泉海边等待永恒。如果完成了救治黄老之子的支线任务，那么在“来世无尽”的结局之后，会有一个“瑶甄”的结局。华佗鼓励瑶甄勇敢实现心愿，她的愿望是与楚歌在一起。最终，瑶甄也来到黄泉海边，与楚歌一同等待海棠。在“来世无尽”的剧情中，沈嫣杀死了韩靖，众人合力打败了沈嫣。在韩靖的灵魂劝说下，沈嫣在临终前实现了觉悟，两人的灵魂手牵手离去。
