肛瘘形成的主要原因包括细菌感染、肛周脓肿、结核分枝杆菌和肛门直肠损伤。
1、细菌感染：肛门直肠部位通常是重要的污水排放通道，极易发生细菌感染。细菌感染的出现会导致细菌侵入患者的肛隐窝、肛腺导管和肛腺，引起感染，其次是脓肿，诱发肛瘘的出现。
2、肛周脓肿：肛周脓肿通常被认为是肛瘘的主要原因之一。
如果排泄的粪便留在肛周，就会诱发肛门腺炎的发生，进而诱发肛周脓肿的发生。
此时，如果患者不注意，一旦肛周脓肿破裂，脓液排出后脓腔会逐渐缩小，患者的外部溃疡和切口会逐渐缩小，结缔组织增生后腔壁会形成间质管壁，从而导致肛瘘的出现。
3、结核分枝杆菌：一般来说，结核分枝杆菌会随粪便排出，导致肛门周围发炎。
如果不加以控制，就会形成肛瘘。
因此，一般认为肛瘘是结核性的，因此不容易治疗。
结核杆菌被认为是一种危害很大的非常麻烦的细菌。
4、肛门直肠损伤：一般情况下，如消化道和肛门镜检查中的金属异物，会引起肛门直肠损伤，从而导致细菌侵入伤口，进而诱发肛周脓肿的出现。如果病情得不到控制，就会诱发肛瘘的发生。
肛瘘患者在手术前不得用手挤压肛瘘内的脓液。因为手上有很多细菌，所以有可能发生逆行感染，而用力挤压可能会扩大感染范围，从而诱发肛周脓肿并促进疾病的进展。
肛瘘患者需要清淡饮食，不要吃味道重的食物和刺激性食物，这会加重病情并延长疾病的治愈时间。
