自2012年1月1日起，欧盟航空业全面纳入碳排放交易体系（ETS），所有进出欧盟成员国机场的航班，除极少数目视飞行、搜救、救灾和人道主义航班外，均需遵守这一制度。体系的核心是监测、报告和核证（MRV）制度，包括两部分：一是根据航空公司提交的吨公里数据，由欧盟委员会和成员国分配每年的免费配额；二是航空公司需提交排放监测报告，并据此缴付超出配额部分的费用。
免费配额的分配基于2004年至2006年全球航班排放的平均值，以8年为期限。起初，大部分排放被视为“免费额度”，随后根据航空公司市场份额进行分配。然而，这种“祖父原则”导致历史排放量多的航空公司获得更多配额，这一机制在专家看来可能导致市场竞争失衡。
对于中国航空业，中国航空协会在2011年指出，欧盟的碳排放交易限制存在多方面问题，如非直接减排、未对发展中国家公平对待、违反国际法规等。预计从2012年至2020年，中国航空公司因欧洲航线的碳税将付出约176亿元人民币的代价，对商业贸易领域也产生影响，如增加运输成本。
然而，欧洲议会环境委员会最近投票通过了暂停征收外国航空公司的航空碳税提案，为期一年。据民航局透露，这将为中国航空公司节省数亿元的税款。受影响最大的是那些在发展迅速地区运营的航空公司，如中国的航空公司，而对于欧盟本土航空公司，影响相对较小。
航空碳排放税就是指航空燃油燃烧排放二氧化碳征收的税，通过对航空燃油碳含量的比例来征税。2005年1月1日，欧盟正式启动碳排放交易体系(ETS)。 2008年，欧盟立法生效，规定从2012年1月1日起把航空业纳入碳排放交易体系。2011年3月，欧盟委员会公布了首个航空业年度碳排放限额，即2012年不超过2.13亿吨，2013年起不超过2.09亿吨。2012年11月12日欧盟委员会建议在2013年秋之前，暂停实施欧盟单方面采取对进出欧盟国家的民用航班征收碳排放税的措施。
