赛尔号异能晶石主要通过异能原石培养、特定场景探索、精灵变异等方式获得，不同颜色晶核获取途径存在差异。具体如下：
异能原石相关获取途径
击败异能精灵：在异能星相关场景与异能精灵战斗，平均在地面场景攻击45次、冰面场景攻击50次左右可能获得异能原石，不过综合获取概率较低。例如在异能星的迪亚克场景，有较小机会通过战斗得到异能原石，但有人玩了40次才获得一个。
破解异能星场景：破解银河系的异能星，到达第三个场景后挑战阿斯特，一般每5 - 6颗星会产生一颗异能原石。
不同颜色异能晶核获取途径
青色异能晶核：先通过上述方式获得异能原石，然后前往精灵变异仓，选择要变异的精灵，点击变异。变异成功后，小精灵会变成青色异能晶核，将其放在变异仓的保温箱里，72小时后变异精灵诞生。
橙色异能核：拿比比老鼠去变异，成功即可获得。具体操作是先获得异能石头（通过攻击异能星上的异能精灵，概率约为3 - 5%），然后前往实验室，利用那里可以让精灵变异的仪器，选择精灵开始变异，精灵等级越高，成功几率越大。
深红色异能晶核：80级以上的嘎尔（也有说法是gagel）异化成功率可达95%，其他等级的嘎尔也可用于异化，但成功率较低，建议练到70级左右。具体步骤为在实验室右侧的变异仓，点开后选择需要变异的精灵，从背包里添加50多个可以变异的精灵，再添加嘎尔的异能原石进行变异，之后点击“晶核培养”按钮对晶核进行培养。
其他相关晶石获取途径
五块晶石：
第一块水晶碎片在恒星塞西莉亚上，与野兽玄冰交谈后，用激光照着阿希亚在冰面上拍摄然后反射获得。
第二块水晶在该星球的一块冰里面，从外面可以看到，用钻头取出。
第三块在冰窟右下角。
迷宫里有两块，走进塞西莉亚的洞穴，迷宫左下角的一个水晶需用钻头取，另一块在迷宫第二层的中下部。集齐后前往Khehlka飞船找到西塔。
