《包青天之开封奇案》共40集，以6个奇案串联，展现了包拯及其团队断案如神、伸张正义的故事。
第一单元《洪州遗恨》：都城频发职业杀手被杀案，包拯追查发现是杀手为劫掠刑部重案证人齐英的赏金所致。齐英等洪州女子遭江南路都指挥使郑宁奸污，家属联名上告后郑宁被免职候审，但被害女子与家属却莫名失踪。刑部派罗北护送唯一证人齐英入京，包拯最终将郑宁伏法于虎头铡下，郑太妃虽赶来阻止，但皇上为维护国法下诏依法惩罚。
第二单元《金玉盟》：八王爷借展昭护送郑太妃玉佩给上官敬，同时包拯以金牌钦差身份调查二十年前被抱出皇宫的婴孩身份。展昭保护八王爷途中遭江湖人抢夺玉佩，后与慕容家合作。包拯和公孙策救下恋人关九和施施，关九实为上官无咎，因抗拒婚约与施施私奔。最终查明上官无咎是上官敬和郑太妃的血脉，慕容紫芸和上官无咎解除婚约，皇上放郑太妃出宫恢复其身份。
第三单元《失婴记》：开封府辖下州县幼童被拐，雷明指控百善堂洪大善人洪通拐卖幼童，包拯带雷明认人找到被拐男童小虎。公孙策发现太康县疑点，展昭与艾虎、雷明解救数十名被拐孩童。包拯审判相关人员，让雷明帮孩子们寻找父母，同时庞太师领养的男童龙龙也被送回母亲身边。
第四单元《饕香楼》：王丞相养女宝琳到开封府，八王爷带展昭和艾虎到饕香楼吃一品锅，发现饕香楼因争太祖皇帝亲题的天下第一厨而分家。朱利为得饕香楼在一品锅里下毒，被宝琳看到，八王爷逃过一劫，但朱利和白天标先后被灭口。最终八王爷请出圣旨让红绿饕香合作，宋兵和林欢认识到天下第一厨的真正含义，饕香楼复合。
第五单元《三朵金花》：十八年前被抄家的安邦侯邓宁之女邓秋被落叶刀郎云养育，郎云认为邓宁被冤枉，希望包拯平反。康王之女赵湘与艾虎和宝琳成为朋友，后得知自己是邓宁次女邓婷，并与邓秋相认。包拯排除万难为邓宁平反，铡了康王，邓家三朵金花重聚。
第六单元《端溪血砚》：端州知州周栋为得端溪血砚，诬陷石匠石玉私藏贡砚，将其投入大牢。石玉之父石健告到开封府，包拯亲赴端州查证，展昭、艾虎、公孙策暗访得知周栋残害百姓的事实。周栋勾结山贼屠村，砚山村村民在展昭和艾虎带领下击退匪首，包拯铡了周栋。
