海口进出口港口主要包括海口港、海口新海港、海口南港、秀英港和海甸港，具体分类及功能如下：
根据国务院批准设立的10个“二线口岸”规划，海口涉及3个核心监管港口：海口港、海口新海港、海口南港。这些口岸在海南全岛封关运作后，将启动海关监管货物查验功能，所有进出内地的货物需通过指定通道接受监管，确保符合自贸港政策要求。其中，新海港和南港同时属于海口“三港”运输枢纽体系，承担客货运输与监管双重职能。
海口“三港”包括新海港、秀英港和铁路南港，于2025年6月15日恢复运输后，形成客货运输核心网络。
海甸港位于海甸岛西南，是海南省最大的民营港口，主要进出口日用百货、建材等货物，享受二类口岸政策。需注意的是，该港口未被纳入“二线口岸”体系，其货物进出内地按现行国内流通规定管理，不涉及自贸港海关监管。
海口进出口港口体系以海口港、新海港、南港为核心监管口岸，秀英港区提供应急支持，海甸港则聚焦民营货运。各港口功能互补，共同支撑海南自贸港的贸易流通需求。
