名侦探柯南中本堂瑛祐出现的集数包括： 428集《超机密的上学路》：本堂瑛祐首次被提及。 429集《无法回头的二人》：本堂瑛祐正式登场，并揭示了与黑衣组织的深厚联系。 430集《无法回头的二人》：继续讲述本堂瑛祐与黑衣组织的故事。 446集《被封印的欧式窗》：本堂瑛祐对柯南的行为产生浓厚兴趣，开始跟踪柯南。 447集《被封印的欧式窗》：本堂瑛祐继续跟踪柯南，试图找出他身上的秘密。 462集《黑衣组织的影子，小小目击者》、463集《黑衣组织的影子，奇妙的照明》、464集《黑衣组织的影子，谜样的高额报酬》：这三集讲述了本堂瑛祐与黑衣组织相关的进一步故事。 507集《KTV包房的死角》 和 508集《KTV包房的死角》：在这两集中，本堂瑛祐终于揭穿了柯南就是新一的真相，为剧情的高潮部分。
