吴石担任的“国防部参谋次长”是副战区级实权职务，综合级别相当于解放军的副总参谋长，军衔为陆军中将。
从职务层级来看，参谋次长是“国防部参谋本部”副首长，协助参谋总长分管全军核心军务，直接领导陆、海、空、联勤四大总司令部及多个厅局，权力链覆盖保密局等特务机构。其相当于同时期解放军的副总参谋长，而国民党“国防部次长”多为虚职，参谋次长掌握实际军事指挥权，地位高于名义上的国防部副部长。
从军衔与资历方面分析，吴石1942年即授陆军中将，而保密局局长毛人凤1945年才晋升少将。按国民党军制，参谋次长由二级上将或中将担任，属于高级将领序列，远高于厅局级的保密局局长。并且吴石毕业于保定军校，与白崇禧、张治中为同学，派系背景深厚，是特务头子不敢轻易触碰的“敏感人物”。
从权力实质来讲，保密局需向参谋本部汇报，吴石作为参谋次长是毛人凤的直接上级之一，形成“军队领导特务”的权力结构。他分管情报与作战，手握全军编制调整、战备部署的“生杀大权”，是蒋介石集团军事决策的关键参与者。在职务、权力、资历上均属于国民党军界顶层，远非普通行政副职可比。
