《暗潮缉凶》大结局主要情节如下：
石强锋前往监狱探望自己的亲生父亲，在此过程中，他彻底打消了对连海平的误会。连海平的家庭也接受了石强锋的存在，并且连海平成为了石强锋的师父，两人关系有了新的转变和发展，从曾经的误解走向了师徒情谊。
当年云帆和石强锋分手的真相终于浮出水面。云帆因为原生家庭的问题，担心自己未来会拖累连海平，所以选择离开。她甚至以死相逼来结束这段感情。之后，云帆遭遇了石强锋生父的性侵，并生下了石强锋。然而，石强锋生父不断纠缠她，最终云帆无法忍受这种折磨，投海自尽，这一真相的揭晓让人物命运更加坎坷和令人唏嘘。
沈小舟因为发现了扈向泽和金海集团的秘密，包括金海一期房地产土地评估作假以及土壤严重污染等问题，而被扈向泽和李龙和（李达达）灭口。不过，沈小海玩具盒里的优盘成为了关键证据，为案件的侦破提供了重要线索。
扈向泽最初对沈小舟有意，后来却与沈小舟的闺蜜岳春夏发展成情人关系。岳春夏因为贪图富足生活而隐瞒了这一真相，最终因包庇杀人凶手而获刑，其父岳鸿兵也受到了法律的制裁。开锁能手小齐找到了幼儿园老师作为自己的女朋友，收获了爱情。陈晖则帮助连海平找到了关键突破口，通过检测金海一号小区土壤锁定了真凶，为案件的侦破立下了功劳。
