系统咨询与系统排列在多个方面存在显著不同，具体如下：
理论依据不同
系统排列：主要以现象学为哲学依据。例如按照海灵格家庭系统排列的规则设置，西方系统排列师在处理有关收养问题案例时，通常生硬地让养子脱离收养家族系统，回归到亲生家族系统，未充分考虑不同文化背景下的实际情况。
系统咨询（系统自和谐心理咨询）：以心理学和辩证唯物主义基本原理、中国传统文化精华为主要理论依据。中国家庭、组织和人格系统遵循中国系统特有的基本规律和解决之道。如在中国传统文化中“养大于生”，被收养人同时属于生和养两个系统，这与西方系统排列处理收养问题的方式形成鲜明对比。
工作层面不同
系统排列：把工作层面定义在潜意识层面，认为系统排列是借助集体潜意识来工作。但集体潜意识是指一个家族中世世代代成员通过基因遗传方式而保留下来、却在个体一生中从未被意识到的人格层次。在以团体心理咨询为主要形式的系统咨询过程中，团体成员和被选中的角色代表与求助者分属于不同的家族系统，不存在彼此之间的联系和作用，且海灵格认为“潜意识联系”是心灵的联系，也有悖于荣格的集体潜意识理论。
系统咨询：工作层面定义在系统意识（超意识）而不是潜意识层面。
工作机理不同
系统排列：由于理论依据的先天局限，一些系统排列师借助甚至故弄玄虚地大谈“神”“灵”“魂”乃至“宇宙能量”的作用，在国内引起越来越多的质疑和讨伐之声，在理论和实践上正在把系统排列引向绝路。
系统咨询：工作机理主要体现在两方面。一是坚信系统自和谐规则是事物本身固有的客观规律，把它作为系统咨询唯一正确的理论解读和工作依据。二是通过角色代表的共情反应，直观呈现系统中存在的各种不和谐状态及其相关成员心理行为问题的系统性根源，重建系统和谐状态，根本解决人在认知、情绪、行为等方面的问题和困扰，实现人和系统全面发展。共情是人生而俱有的一种能力，是人与人之间在认知、情绪情感、意志以及人格等心理现象上的一种和谐共振。
工作的出发点和落脚点不同
系统排列：未明确体现对家庭、组织、人格三大系统及其相互关系的着重研究。
系统咨询：着重研究家庭、组织、人格三大系统及其相互关系，认为这三大系统囊括了生命赖以出生、生存、生长的全部系统。个体在自己的家庭系统中获得并延续生命，在相关组织系统中获得生存及发展，在自己的人格系统中获得持续一生的成长。三大系统既互相制约，又互相促成；既相对独立，又层层相依。系统咨询技术用来解决不同系统存在的问题和困扰，家庭系统咨询解决家庭系统问题，组织系统咨询解决组织（团队）系统问题，人格系统咨询解决人格系统问题。人格系统咨询既是系统咨询的出发点，更是系统咨询的落脚点和终极目标，在具体操作中，家庭、组织、人格三大系统咨询可以单独进行，也可以交叉或者先后推进。
基本理念及职责定位不同
系统排列：未明确提及相关基本理念及职责定位内容。
系统咨询：系统咨询师坚持把“五不一唯”（不主观、不妄断、不操控、不探秘、不神道；唯物主义）作为基本工作理念，最大限度借助和激发系统和当事人自身力量来实现助人。系统咨询师以对生命的高度信任、尊重和敬畏，把自己定位成一个旁观者、陪伴者和协助者，尽可能少地介入到当事人系统中去，把改变的责任和权利充分留给系统成员自己。
