自来也在动画第372 - 373集“佩恩入侵”篇中牺牲。
自来也为探查晓组织首领佩恩的真实身份，独自潜入雨隐村，与佩恩六道展开了一场激战。在战斗中，他重创了畜生道，还识破了佩恩本体的秘密。然而，由于对方人数众多，自来也最终寡不敌众，被佩恩打入深海而牺牲。
临死之前，自来也把佩恩的关键情报，也就是数字暗号“31、8、106、7、207、15”写在了通灵兽蛤蟆深作的背上，让其带回木叶，这为后续鸣人击败佩恩埋下了重要伏笔。
自来也的牺牲意义深刻。他是鸣人最敬重的导师，他的死推动鸣人从迷茫走向成熟，使鸣人更加坚定了守护木叶的决心。同时，他用生命诠释了“忍者的价值在于死前的作为”，成为了忍界传承“火之意志”的象征。
在第四次忍界大战中，秽土转生并没有复活自来也，官方解释是因为他的尸体沉入深海，无法获取其DNA，实际上也是为了保留这个角色的悲剧完整性。不过，他的精神通过鸣人等弟子永远地延续了下去。
