B蛋白质工程是在基因工程的基础上延伸出来的第二代基因工程，A正确；蛋白质工程的原理是从预期的蛋白质功能出发最终找到脱氧核苷酸序列的过程，B错误；干扰素结构中改变某个氨基酸提高了它的保存时间是蛋白质工程应用的体现，C正确；蛋白质工程不是对蛋白质结构的直接改造，而是对基因进行改造，D正确。故选B。
B蛋白质工程是在基因工程的基础上延伸出来的第二代基因工程，A正确；蛋白质工程的原理是从预期的蛋白质功能出发最终找到脱氧核苷酸序列的过程，B错误；干扰素结构中改变某个氨基酸提高了它的保存时间是蛋白质工程应用的体现，C正确；蛋白质工程不是对蛋白质结构的直接改造，而是对基因进行改造，D正确。故选B。
