孙小果通过虚假专利获取减刑的内幕为：其父母委托他人违规将防盗窨井盖图纸带入监狱，孙小果在同监服刑人员帮助下制作模型，相关人员违规将模型带出监狱申请专利，之后通过一系列虚假证明材料认定重大立功从而启动减刑程序。
2008年，王某某受孙小果父母之托，违规将防盗窨井盖图纸带入监狱，通过时任省一监七监区教导员贝某某交给被告人周忠平，再由周忠平转交给孙小果。这一行为严重违反了监狱管理规定，为后续的虚假专利申请埋下了伏笔。
罪犯孙小果让同监服刑人员张某某等人帮其制作模型。在监狱环境中，服刑人员本应专注于改造，而孙小果却利用同监人员为其制作专利模型，进一步破坏了监狱的改造秩序。
被告人周忠平帮孙小果将专利模型违规带出监狱交给曾某某，并向其转达孙小果叫他们去申请专利的意思。周忠平作为监狱工作人员，本应维护监狱的正常管理秩序，却参与违规行为，帮助孙小果完成专利申请的关键环节。
2008年10月，孙某乙委托昆明大百科专利事务所以孙小果的名义向国家知识产权局申请专利。整个申请过程并非基于孙小果真实的发明创造，而是通过一系列违规手段完成的虚假申请。
因孙小果在省一监服刑期间多次违规获得减刑，引起相关部门和人员的质疑反对，难以再次获得违规减刑，时任省一监政委刘某某与时任云南省第二监狱副监狱长朱某某共谋后，于2009年1月7日将罪犯孙小果调入省二监服刑。这种调动的目的是为了创造条件，让孙小果能够通过新的手段获取减刑。
2009年5月6日，国家知识产权局授予孙小果“联动锁紧式防盗窨井盖”实用新型专利。随后，孙小果向省二监提出认定重大立功的申请。
省二监狱政科发函至省一监狱政科要求进行核实。时任省一监狱政科科长杨某甲授意贝某某出具孙小果2006年至2008年在省一监服刑改造的考核情况证明，安排被告人周忠平以个人名义写材料证实孙小果有防盗窨井盖实用新型专利，并以省一监狱政科名义进行回复。这一系列操作都是为了制造孙小果有重大立功表现的假象。
6月17日昆明市人民检察院驻监狱检察室要求狱政科对专利事实进行补证。时任省二监狱政科副科长胡某某找到杨某甲，出具一份署名为孙小果的《发明实用新型锁紧型窨井盖情况说明》复印件（证明材料底稿），要求省一监狱政科按照底稿组织人员出具证明材料证实孙小果具有防盗窨井盖实用新型专利。
杨某甲将底稿交给贝某某，授意贝某某找底稿中提到的干警和罪犯依照底稿内容出具虚假证明，同时要求被告人周忠平将孙小果所在七监区技术骨干的名字加进证明材料。周忠平根据要求出具张某某和孙小果发明的证明，并安排服刑罪犯张某某、顾某某根据提供给他们的底稿为孙小果出具虚假证明，张某某根据周忠平要求找冷某某出具虚假证明。通过这些虚假证明材料的炮制，为孙小果认定重大立功提供了表面上的依据。
2009年8月4日省二监评审委员会依据虚假证明认定孙小果的发明创造为重大立功，并于8月5日启动减刑程序。省二监评审委员会在未严格审查专利真实性和立功表现真实性的情况下，仅依据虚假证明就认定孙小果有重大立功表现，严重违反了减刑程序的规定。
直至去年案发，2019年12月15日，大理州洱源县人民法院对涉孙小果案公职人员云南省第一监狱指挥中心原民警周忠平公开宣判，以徇私舞弊减刑罪判处有期徒刑三年。这一判决结果体现了法律对违规减刑行为的严厉打击，也揭示了孙小果专利减刑内幕的违法性。
孙小果专利减刑内幕是一起涉及多个环节、多名公职人员违规操作的严重违法事件。从专利申请的违规操作到虚假证明材料的炮制，再到减刑程序的启动，每一个环节都充满了违法违规行为。这一事件不仅损害了法律的尊严和司法公正，也引起了社会对减刑制度的广泛关注和反思。相关部门应加强对减刑制度的监管，完善审核机制，防止类似事件再次发生。
