《越狱第四季》讲述了迈克尔从索纳监狱逃出后展开复仇行动，并试图搞垮“公司”的故事，以下是各集剧情介绍：
第1集：迈克尔追踪到洛杉矶的格蕾琴和威斯勒，准备为莎拉之死复仇时，被告知莎拉未死。通过布鲁斯·贝奈特，迈克尔与莎拉重逢。巴拿马骚乱中，苏克雷、巴里克和T-bag逃出索纳监狱，T-bag被弃于沙漠。威斯勒欲向迈克尔透露秘密时被“公司”杀手怀亚特灭口。林肯因谋杀“公司”人员再被捕，苏克雷、巴里克和马洪也被捕，马洪发现儿子被怀亚特杀害。丹·谢尔夫自称国家安全局探员，要求众人合作搞垮“公司”。
第2集：迈克尔一伙被要求寻找藏有“公司”秘密的Scylla，找来电脑奇才罗兰复制信息，但发现Scylla由六块卡片组成，仅获其一。T-bag死里逃生回美国，发现威斯勒双重身份及《观鸟指南》秘密。怀亚特囚禁格蕾琴。
第3集：因Scylla获取难度增加，丹·谢尔夫取消行动，但迈克尔等人找到其他卡片线索，谢尔夫决定继续。T-bag冒充威斯勒身份，怀亚特对布鲁斯·贝奈特严刑逼供后杀害，以获取莎拉行踪。
第4集：迈克尔找到第二张卡片，T-bag伪装进入Gate公司破解《观鸟指南》线索。莎拉得知贝奈特被杀，酒吧解愁时泄露行踪，怀亚特开始追踪。
第5集：迈克尔和林肯潜入财政部复制第三张卡，将军要求持卡人随身携带卡片。迈克尔流鼻血，林肯担忧其健康。苏克雷和巴里克找到T-bag，格蕾琴从怀亚特囚禁中逃脱，马洪酝酿为子报仇。
第6集：迈克尔等人在赛马场追踪下一张卡，马洪被捕且设备在其身上。谢尔夫拿回设备后弃马洪于看守所。迈克尔等人利用审讯救出马洪并逃脱怀亚特追杀。T-bag化名科尔·派弗在Gate公司调查。
第7集：林肯一行在拉斯维加斯寻找第五张卡，苏克雷牺牲自己复制信息，但罗兰设备被赌场没收。莎拉发现迈克尔患脑瘤。格蕾琴和T-bag在Gate公司并肩作战，绑架迈克尔和巴里克要求破解《观鸟指南》秘密，发现神秘房间。马洪救出迈克尔和巴里克并抓到T-bag，格蕾琴威胁。
第8集：格蕾琴威胁迈克尔合作，众人因设备被没收而将目标转向将军。将军组织Scylla转移，迈克尔发现Gate公司离存放Scylla处很近。罗兰背叛向怀亚特透露据点，被杀。众人抓到怀亚特。
第9集：迈克尔等人威胁怀亚特骗将军众人已死，马洪杀怀亚特为子报仇。格蕾琴找将军希望旧情起作用获取最后一张卡。迈克尔计划从Gate公司神秘房间挖管道进入“公司”，病情加重。巴里克牺牲，被水冲走。
第10集：众人哀悼巴里克后潜入“公司”，了解安保情况。T-bag发现Gate公司前台女崔珊是谢尔夫同伙。莎拉带迈克尔入院检查，被告知需马上手术，但迈克尔因将军下令转移Scylla而无时间。
第11集：格蕾琴色诱将军失败。众人潜入接近Scylla时碰响警铃，将军发现并派人阻止。谢尔夫和崔珊发现格蕾琴和T-bag企图把Scylla卖给华人冯。
第12集：迈克尔等人制服将军打手，得到最后一张卡，发现六张卡只是钥匙，Scylla是高科技芯片。众人被困“公司”，莎拉挟持将军女儿丽萨，成功带Scylla离开。谢尔夫拿到Scylla后发出赦免函，实为白纸并逃跑。
第13集：谢尔夫利用国家安全局身份欺骗众人为其卖命，囚禁格蕾琴女儿寻找买家。交易时发现部分Scylla不见，迈克尔早已藏起。
第14集：谢尔夫寻找丢失部分，T-bag看守格蕾琴家人时被“公司”伪装杀手擒获，放走格蕾琴家人。迈克尔夺回Scylla，逃亡中脑瘤病发被“公司”抓到，Scylla再次被谢尔夫偷走。林肯同意加入“公司”找回Scylla以救迈克尔。
第15集：林肯与苏克雷等合作寻找Scylla，交易中卖家打伤谢尔夫并抢走Scylla，林肯与苏克雷擒获格蕾琴与谢尔夫。“公司”派医生为迈克尔做脑手术，迈克尔昏迷中悟出Scylla是先进太阳能利用装置。手术成功，迈克尔发现母亲也是“公司”一员。
第16集：林肯、格蕾琴、谢尔夫和T-bag在迈阿密寻找Scylla，马洪加入。格蕾琴发现买家是“公司”叛徒，激战中格蕾琴中枪被留警察。迈克尔被“公司”囚禁洗脑，被告知母亲克里斯蒂娜还活着且为“公司”工作。林肯与获得Scylla的人通话，不知是母亲。
第17集：迈克尔逃出“公司”囚禁，与莎拉到迈阿密。克里斯蒂娜与林肯相见并称计划搞垮“公司”。T-bag和谢尔夫追踪Scylla到教堂有意外收获。迈克尔和林肯产生分歧。
第18集：在T-bag、马洪等人提醒下，林肯发现克里斯蒂娜阴谋，她下令狙击林肯。克里斯蒂娜拜访印度大使馆欲将Scylla卖给印度首相之子。迈克尔发现克里斯蒂娜等待VS的人，劫走教授。莎拉发现自己怀孕未告知他人。
第19集：迈克尔囚禁母亲获取信息，克里斯蒂娜称林肯非其亲生兄弟。T-bag向“公司”泄露众人秘密。将军从教授口中逼出克里斯蒂娜秘密。印度首相之子出席展会遭枪杀。
第20集：克里斯蒂娜欲利用首相之子被害挑起中印争端，再分别卖Scylla给两国。混乱中，迈克尔和林肯被困展会，林肯发现被克里斯蒂娜陷害。迈克尔夺回Scylla，将军抓莎拉，克里斯蒂娜抓林肯，迈克尔面临两难。
第21集：迈克尔需立即决定救莎拉还是林肯。苏克雷帮助C-Note和凯勒曼找到迈克尔以获自由。林肯发现与迈克尔非亲兄弟，迈克尔发现莎拉怀孕。
第22集：迈克尔和林肯安排交易地点，知交Scylla后知情人难活。迈克尔当面毁Scylla，脱衣露出纹在身上的数据。原来他出纹身馆后被抓，最终“公司”被搞垮，众人各有结局。
