《越狱第四季》讲述了迈克尔从索纳监狱逃出后展开复仇行动，并试图搞垮“公司”的故事，以下是各集剧情介绍：
第1集：迈克尔在洛杉矶找到格蕾琴和威斯勒，准备为莎拉之死复仇时，被告知莎拉还活着，后通过布鲁斯-贝奈特找到莎拉并重逢。苏克雷、巴里克和T-bag在巴拿马骚乱中逃出Sona监狱，T-bag被司机抢劫后留在沙漠等死。威斯勒向迈克尔透露秘密时被“公司”杀手怀亚特灭口。林肯因谋杀“公司”人员再次被捕，苏克雷、巴里克和马洪也被捕，马洪发现儿子被怀亚特杀害。丹-谢尔夫自称国家安全局探员，要求众人合作搞垮“公司”。
第2集：迈克尔一伙被要求寻找藏有“公司”秘密的Scylla，找来电脑奇才罗兰复制信息，但发现Scylla由六块卡片组成，仅获得其中之一。T-bag死里逃生回到美国，发现威斯勒的双重身份和《观鸟指南》中的秘密。怀亚特囚禁格蕾琴。
第3集：因Scylla获取难度增加，丹-谢尔夫取消行动，但迈克尔等人找到其他卡片线索，谢尔夫决定继续。T-bag冒充威斯勒身份，怀亚特对布鲁斯-贝奈特严刑逼供后杀死他。
第4集：迈克尔找到第二张卡片，T-bag伪装进入Gate公司企图破解《观鸟指南》线索。莎拉得知贝奈特被杀后去酒吧解愁，泄露行踪，怀亚特开始追踪。
第5集：迈克尔和林肯潜入财政部复制第三张卡，将军要求持卡人随身携带卡片。迈克尔流鼻血，林肯担心其健康。苏克雷和巴里克找到T-bag，格蕾琴从怀亚特囚禁中逃出，马洪酝酿为儿子报仇。
第6集：迈克尔等人在赛马场追踪下一张卡，马洪被捕，设备在其身上。谢尔夫拿回设备后将马洪留在看守所。迈克尔等人利用审讯机会救出马洪并逃过追杀，T-bag化名科尔-派弗在Gate公司内部调查。
第7集：林肯一行到拉斯维加斯寻找第五张卡，苏克雷牺牲自己复制信息，但罗兰的设备被赌场没收。莎拉发现迈克尔患脑瘤，格蕾琴和T-bag在Gate公司并肩作战，绑架迈克尔和巴里克要求破解《观鸟指南》秘密，发现Gate公司有神秘房间。马洪救出迈克尔和巴里克并抓到T-bag，格蕾琴打来威胁电话。
第8集：格蕾琴威胁迈克尔合作，因设备被没收，众人将目标转向将军。将军组织Scylla转移，迈克尔发现Gate离存放Scylla的地方很近。罗兰背叛众人向怀亚特透露据点，被怀亚特杀害，众人抓到怀亚特。
第9集：迈克尔等人威胁怀亚特骗将军众人已死，马洪折磨并杀死怀亚特为儿子报仇。格蕾琴找将军希望旧情起作用获取最后一张卡，迈克尔计划从Gate神秘房间挖管道进入“公司”，病情加重。巴里克牺牲自己打通水管制造通道。
第10集：众人哀悼巴里克后潜入“公司”了解安保情况。T-bag发现Gate公司前台女崔珊是谢尔夫同伙、伪装的国家安全局特工。莎拉带迈克尔入院检查，被告知要马上手术取出脑瘤，但将军下令立即转移Scylla，迈克尔无时间手术。
第11集：格蕾琴企图色诱将军失败，众人潜入行动中碰响警铃，将军派人来阻止。谢尔夫和崔珊发现格蕾琴和T-bag企图把Scylla卖给华人冯。
第12集：迈克尔等人制服将军打手后得到最后一张卡，发现六张卡只是钥匙，真正的Scylla是高科技芯片。众人被困“公司”时，莎拉挟持将军女儿丽萨，成功带Scylla离开。谢尔夫拿到Scylla后给众人发出赦免函，实为白纸，随后带着Scylla逃跑。
第13集：谢尔夫利用国家安全局身份让众人为其卖命，只为得到Scylla卖钱，众人继续逃亡。谢尔夫囚禁格蕾琴女儿寻找买家，交易时发现部分Scylla不见，迈克尔已偷偷藏起。
第14集：谢尔夫四处寻找丢失部分，T-bag看守格蕾琴女儿和妹妹时被“公司”伪装杀手擒获，放走格蕾琴女儿和妹妹。迈克尔夺回Scylla后逃亡中脑瘤病发，被“公司”抓到，Scylla再次被谢尔夫偷走。林肯为救迈克尔同意加入“公司”并找回Scylla。
第15集：林肯与苏克雷等合作寻找Scylla，交易中卖家打伤谢尔夫并抢走Scylla，林肯与苏克雷擒获格蕾琴与谢尔夫。“公司”派医生为迈克尔做脑手术，昏迷中迈克尔悟出Scylla是先进太阳能利用装置。手术成功，迈克尔发现母亲也是“公司”一员。
第16集：林肯、格蕾琴、谢尔夫和T-bag来到迈阿密寻找Scylla，马洪加入。格蕾琴发现买家是背叛“公司”的人，激战中格蕾琴中枪被留给警察。迈克尔被“公司”囚禁并洗脑，被告知母亲克里斯蒂娜还活着且为“公司”工作。林肯与获得Scylla的人通话，不知对方是母亲。
第17集：迈克尔逃出“公司”囚禁，和莎拉来到迈阿密。克里斯蒂娜与林肯相见并称计划搞垮“公司”，T-bag和谢尔夫追踪Scylla到教堂有意外收获。迈克尔和林肯因观点不同产生分歧。
第18集：在T-bag、马洪等人提醒下，林肯发现克里斯蒂娜阴谋，她下令在广场狙击林肯。克里斯蒂娜拜访印度大使馆，欲将Scylla卖给印度首相之子。迈克尔发现克里斯蒂娜在等VS的人，从机场劫走教授。莎拉发现自己怀孕但未告诉任何人。
第19集：迈克尔囚禁母亲获取信息，克里斯蒂娜称林肯不是他亲生兄弟。T-bag向“公司”泄露众人秘密，将军从教授口中逼出克里斯蒂娜秘密。印度首相之子出席高科技展会时被枪杀。
第20集：克里斯蒂娜想利用首相之子被害挑起中印争端，再将Scylla卖给两国。混乱中，迈克尔和林肯被困展会，林肯发现被克里斯蒂娜陷害。迈克尔夺回Scylla，将军抓莎拉，克里斯蒂娜抓林肯，迈克尔面临两难威胁。
第21集：迈克尔需决定救莎拉还是林肯，苏克雷帮助C-Note和凯勒曼找到迈克尔。林肯发现和迈克尔非真正兄弟，迈克尔发现莎拉怀孕。
第22集：迈克尔和林肯安排交易地点，知道交出Scylla知情人都无法存活。迈克尔当面毁掉Scylla，脱下衣服露出纹在身上的数据。原来迈克尔把Scylla数据纹在身上后被抓，最终“公司”被搞垮，每个人都有了自己的结局。
