秦始皇的尸身已腐烂，仅可能留存骨骼。
主流观点认为，据《史记》记载，秦始皇于公元前210年酷暑时节病逝。其遗体历经两个月、数千里才被运回咸阳。在这期间，由于高温天气，尸身已经开始腐烂。当时丞相李斯等人，为了掩盖尸身腐烂散发的臭味，采用了用鲍鱼来混淆气味的办法。即便秦始皇陵地宫中存在水银具有一定的防腐作用，但也无法改变下葬前尸身已经腐败的事实。
从考古佐证方面来看，秦陵专家依据遗体保护的规律进行分析。在夏季，如果遗体没有像马王堆汉墓那样采取严密的防腐措施，在两个月的时间内必然会严重腐烂。目前通过探测得知，地宫中的水银或许能够起到保存骨骼的作用，但软组织则难以留存下来。
综合以上情况，秦始皇遗体完好保存的可能性极低，仅存骨骼的概率相对较高。不过，关于这一结论的最终验证，还需要等待秦始皇陵墓的进一步发掘。
