《少年包青天II》剧情简介如下：
第一单元《英雄本色》：横陇决堤事件引出贪污案，仁宗召回包拯查案。关键证人被密室下毒杀害，同时公孙策患怪病面临失明。包拯在重重危机中努力揭开案件真相。
第二单元《义薄云天》：王朝、马汉被冤枉入狱，包拯助其洗冤。随后接手十年前七尸八命案的逃犯案，重要证人相继失踪，证据指向逃犯。包拯深入调查，揭示案中有案，解开谜团。
第三单元《藏龙卧虎》：展昭得知金龙寺有刺客暗杀包拯，混入寺内却陷入迷雾。包拯即将抵达时，刺客仍未找到，情节紧张刺激。
第四单元《偷天换日》：小晴蜓冒充画家冯止水女儿，行为异常。包拯怀疑其秘密，混入冯府调查。发现冯府地牢藏骸骨，小晴蜓与冯止水关系成谜。
第五单元《石破天惊》：展昭遇芳芳，芳芳家遇害。展昭替其打官司，发现芳芳说谎。在包拯帮助下，揭示芳芳惊人秘密的真相。
第六单元《天罗地网》：包拯、公孙策、展昭等人奉召入京，途中王朝、马汉等陷入谜案。京城内皇上性情大变，襄阳王得势，三廉王变疯。包拯等人被凶手设计的天罗地网包围，努力解开谜团，揭露阴谋。
