办事员和科员主要在定义、职务级别、报考要求、待遇以及职务晋升要求方面存在区别，具体如下：
办事员：是机关工作人员的一种职别，处于科员之下。主要负责打印以分会名义发出的重要文件、工作汇报、会长讲话以及其他重要文字材料等基础性事务工作。
科员：是科里非领导的成员，在公务员制度与参照管理的党的机关工作人员中，职务与级别为十八级至二十六级，属于一般工作人员。非领导干部分为八种，科员是其中之一。根据2019年3月中共中央办公厅印发的《公务员职务与职级并行规定》，科员又分为一级科员和二级科员。
科员和办事员均为国家公务员序列的非领导职务，不过科员比办事员高一个职务级别。非领导职务从高到低依次为巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员这八个层次，办事员处于最低一级的非领导职务。
在报考公务员时，两者的报名要求有差异。考进公务员序列后，专科学历一般定岗为办事员，本科以上则定岗为科员。
办事员的工资待遇比科员要低，二者之间存在一定的差距。
若要从办事员晋升为科员，需要在办事员的岗位上工作三年以上。
科员晋升为副主任科员的，应在科员的岗位工作三年以上。不过，高学历人员除外，他们可以不受工作年限的限制，晋升相对较快。
