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第1集《孤独》
梅根，一位年轻的女子，在煤气管道爆炸中被埋，伤势严重，面容无法辨认。她发烧不退，病因不明。豪斯医生开始诊断，起初认为是感染，后来发现梅根日记中厌世的言语，推测她可能服用了抗抑郁药物，与医院用药产生副作用，导致感染。检查后发现梅根患有胰腺炎，但仪器结果不支持这一判断。豪斯闯入手术室，用内窥镜检查，发现梅根最近做了人工流产。豪斯发现梅根最近可能吃过避孕药，但她的家人否认。医生们认为梅根的昏厥源于严重撞伤，无力救治。豪斯发现梅根手臂上的过敏反应，但其他医生不以为然。豪斯和威尔森发生冲突，豪斯无理地将威尔森的病人转移到其他病室，导致混乱。
第2集《健康的飞行员》
空军女飞行员格莱塔在飞行模拟器中训练时，她的飞机坠毁。格莱塔感到耳朵“看”东西的怪异感觉，希望豪斯找出病因。豪斯的助手团队进入格莱塔家调查，发现血液中红细胞增多，豪斯认为是壁炉安装不当导致的一氧化碳中毒。但治疗时，格莱塔心脏病突发。豪斯设计将格莱塔灌醉，进行详细检查，发现她患有肺癌。格莱塔拒绝手术，豪斯承诺做外皮移植手术来遮住刀疤。手术中发现格莱塔的真正病因是乳头状囊腺瘤。
第3集《97秒》
托马斯·斯塔克在过马路时突然昏迷，助手们提出斯塔克可能因泰国旅行感染寄生虫。治疗时发现斯塔克脖子上的肿块和肾脏问题，豪斯意识到斯塔克可能患癌症。检查发现斯塔克肺部充满清水，与癌症症状不符。后来发现斯塔克的狗胡佛死于药物中毒，斯塔克和胡佛同时死亡。最初诊断是正确的，斯塔克感染寄生虫，但他没有遵循医嘱服药，结果导致悲剧。
第4集《守护天使》
艾丽娜·威莎在太平间工作时，死尸突然站起攻击她。艾丽娜被同事救出，但出现幻觉。豪斯怀疑她可能因接触死者大脑受到细菌感染，但助手们发现她的幻觉与疯牛症等线索无关。豪斯认为她可能患有遗传性帕金森综合症。艾丽娜出院后，豪斯面临助手回归的挑战。
第5集《镜子镜子》
一名男子在街上被阿飞勒索时发病，豪斯判断他可能患有乔瓦尼尼映射综合症，失忆症患者会模仿他人的行为。豪斯带着患者进入手术室，患者模仿起医生的操作。豪斯发现患者感染，体内有黑色脓包。患者最终被诊断为感染了猪身上的寄生虫。
第6集《无论何事》
女赛手卡西在比赛中突然倒地，医生诊断为脱水。豪斯被CIA请去诊断一位警员，助手们对卡西的病情产生分歧。卡西病情恶化，豪斯最终确定她得的是心脏病。
第7集《丑陋》
肯尼·阿诺德因头部畸形受到嘲笑，准备做整形手术。手术中，肯尼出现心动过速，豪斯判断他有心脏病。手术被迫推迟，豪斯担心助手们在摄像机前不敢自由发言。
第8集《你并不想知道》
魔术师芬恩表演时昏倒，豪斯认为他是在装蒜。检查显示心脏无问题，内脏出血，助手们猜测可能是肠梗塞。手术中发现芬恩的病情与魔术职业相关，但芬恩不愿透露秘密。最终，豪斯及其助手意识到误诊病人的血型。
第9集《游戏比赛》
摇滚乐队乐手吉米·奎德突然昏倒，医生推测他可能因毒瘾发作。豪斯发现奎德手臂上的斑块和手指的血点，助手们对此有不同看法。奎德失踪后在儿童病房昏倒，助手们发现他与孩子们感染麻疹。豪斯意识到奎德的病情。
第10集《It's a Wonderful Lie》
本集围绕一对不会撒谎的母女展开，揭示了母女之间的秘密。
第11集《Frozen》
House医生通过远程医疗解决南极病例，同时与Wilson医生的关系和Cameron医生的纷争成为焦点。
第12集《Don't Ever Change》
豪斯医生和他的团队接手一位在婚礼上虚脱的女病人，豪斯怀疑背后有深层原因。女病患的病情恶化，豪斯及其团队必须尊重她的宗教信仰，采取控制病情的措施。
第13集《No More Mr. Nice Guy》
一位脾气好到令House嫉妒的好好先生成为病例，豪斯团队在未征得House同意的情况下发现了他的梅毒。
第14集《Living the Dream》
一位大叔认为肥皂剧男主角患脑肿瘤，将他绑架到医院。案件并非肿瘤，豪斯和Cuddy的关系紧张，Cameron协助整理病例。
第15集《House's Head》
House医生在酒吧醒来，发现丢失了四个小时的记忆。在Chase的帮助下，他通过催眠回忆关键信息，最终成功治愈司机的怪病。
第16集《Wilson's Heart》
本季最后一个病例是Wilson医生的女朋友Amber，豪斯唯一失手的病例。剧终时，House陷入昏迷，Wilson沉浸在痛苦中，等待他的苏醒。
