四年前，1995年，一颗数码蛋意外降临光丘，落入了八神家，特别是家中的少女八神光。在极短时间内，这颗蛋孵化成为滚球兽，进而迅速进化为暴龙兽，这超乎常理的速度令数码世界震惊。为了了解八神光，数码世界的安定者派遣鹦鹉兽回收暴龙兽，并在此过程中扫描了八神光、她的哥哥八神太一以及所有目击者的数据。分析显示，人类的孩子们拥有勇气、友情、爱情等精神特质，这些特质对数码世界的发展有着潜在影响。然而，八神光的特质与众不同，她代表着生命的本质，被赋予了"光"的称号，象征着生命的源动力和真实之美。由于现实与数码世界的时差问题，四年的现实时间相当于数码世界的数万年。期间，数码兽的特性持续进化。随着能与现实孩子建立特殊联系的数码兽出现，被称为“搭档数码兽”的它们能感受人类的精神特质，进化并驱逐数码世界中的黑暗力量。为此，数码世界创造出了“デヴァイス”和“吊坠”等装置，共同度过了一次次危机，包括启示录兽事件。然而，由于力量不足，无法完全封印启示录兽，于是四圣兽诞生，承担起守护数码世界的责任。现实世界中，与光丘有联系的“被选召的孩子”家族也集中在台场附近。他们的精神特质各异，可能并非偶然。得知黑暗四天王计划的安定者，计划将有潜力的数码蛋转移到开始之街，但遭到小丑兽破坏。玄内幸存并带走了数码蛋，其中一颗蛋在逃脱过程中意外落入テンプ湖上空，孵化后被吸血魔兽收养。为了躲避追杀，玄内将数码蛋藏于冰雪覆盖的ファイル岛，随后在テンプ湖湖底设置了结界，自我老化以阻止黑暗球的膨胀。随着FILE岛冰雪融化，孵化的搭档数码兽等待着主人的到来。黑暗四天王在数码世界中散播黑暗力量，并派恶魔兽前往FILE岛。在数码世界平衡濒临崩溃之际，神圣计划飞向现实世界，迎接即将到来的使命。
