丰巢存在向快递员和客户双重收费的情况，且部分收费政策引发争议。
向客户收取超时费：从2020年4月30日开始，丰巢快递柜推出会员服务，非会员用户只能免费保管包裹12小时，超时将收取费用。这一政策引发了快递员和市民的不满。
快递员角度：有快递员表示，现在又向业主收取超时费不太合理，而且增加了他们的工作量。因为超时收费可能导致客户对快递员产生不满，快递员需要花费更多时间和精力去解释和处理相关问题。
市民角度：
保管期限不合理：丰巢快递柜大部分分布在一二三线城市，这些大城市区域广，上班交通时间长。如果快递员8点来投递，晚上稍微加班，市民取件就可能超过12小时的免费保管期限，从而产生超时费。例如，一位市民提到，自己晚上8点后下班，如果快递在早上8点被放入丰巢，那么自己取件时必然超时，需要支付额外费用。
认为快递应免费送货上门：现在已有不少市民觉得快递都应该免费送货上门，而不是通过丰巢快递柜收取包裹并可能产生超时费。他们认为，智能快递柜虽然解决了快件“最后100米”的配送难题，为快递企业和不方便收件的市民提供了便利，但不应该以牺牲消费者利益为代价。
丰巢回应：丰巢方面回应称，会员服务消费者可在线上进行选择，未经消费者同意的情况下，将不产生任何费用。但这一回应并未完全平息争议，因为在实际操作中，消费者可能在没有充分了解的情况下就产生了超时费。
